Johann Deisenhofer (d. 30 Eylül 1943), Alman moleküler biyolog ve Nobel Ödülü sahibi bilim insanıdır. 1988 yılında yapılan çalışmalarıyla birlikte, elektron mikroskobu kullanarak fotosentez yapabilen proteinlerin yüksek çözünürlüklü yapısını çözmek için geliştirdiği yöntemlerle birlikte, Hartmut Michel ve Robert Huber ile birlikte Nobel Kimya Ödülü'ne layık görüldü.
Deisenhofer, 30 Eylül 1943 tarihinde Almanya'nın Bavarya eyaletine bağlı Zusamaltheim kasabasında doğdu. Üniversite eğitimini görmek için Münih Üniversitesi'ne gitti ve burada fizik ve matematik okudu. Daha sonra fizik alanında doktora yapmak üzere Garching'deki Max Planck Enstitüsü'ne geçti.
1974 yılında fizik alanında doktorasını tamamladıktan sonra, Cambridge, İngiltere'deki MRC Laboratuvarı'nda araştırmalarına devam etti. Burada elektron mikroskopisi ve kristalografisi üzerinde çalışmalar yürüttü. 1988 yılında yaptığı çalışmalar, fotosentez proteinlerinin yapısının ortaya çıkarılmasına önemli bir katkıda bulunmuştur.
Deisenhofer'in çalışmaları, fotosentezin moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına yönelik bir dönüm noktası olarak kabul edilmektedir. Fotosentez, bitkilerin güneş ışığını kimyasal enerjiye dönüştürme sürecidir. Deisenhofer ve ekibi, bakterilerde bulunan bir fotosentez proteininin yapısını çözerek, bu sürecin nasıl gerçekleştiğini anlamışlardır.
Johann Deisenhofer'in Nobel Ödülü'ne layık görülmesi, fotosentez mekanizmalarının yanı sıra birçok biyokimyasal sürecin anlaşılmasına da katkıda bulunmuştur. Kendisi, fotosentezi anlamak için yapılan araştırmaların önemini vurgulayarak, bu sürecin temel bir anlayışa sahip olmadan enerji problemlerinin çözülemeyeceğini belirtmiştir.
Johann Deisenhofer, Teksas, Dallas'ta bulunan Süperiletkenlik Araştırma Merkezi'nde profesör olarak görev yapmaktadır. Çalışmalarına devam eden Deisenhofer, fotosentez ve protein yapısı alanındaki bilimsel araştırmalara öncülük etmeye devam etmektedir.