Limonlu su, çoğu insan için mideye zararlı değildir. Ancak bazı insanlar limonlu suyun asitliği nedeniyle mide yanması veya reflü gibi mide rahatsızlıklarına yol açabilirler. Bu nedenle, mide sorunları olan kişilerin limonlu suyu tüketmeden önce doktorlarına danışmaları önerilir. Ayrıca, çok fazla limonlu su tüketmek diş minesine zarar verebilir.