Mantarlar bitkilerle simbiyotik bir ilişki içinde olabilirler. Özellikle kök mantarları, bitkilerin kök sistemleri ile birlikte yaşarlar ve bitkilerin sağlıklı büyümesine yardımcı olurlar. Bu simbiyotik ilişkiye mykorrhizae denir. Mykorrhizal mantarlar, bitkilerin köklerine bağlanarak bitkilere su ve mineral emilimini artırmaya yardımcı olur ve bunun karşılığında da bitkilerin photosynthesis sürecinde ürettikleri karbonhidratları kullanırlar. Bu sayede hem mantarlar hem de bitkiler karşılıklı fayda sağlarlar. Ancak bazı mantarlar da bitkilerin hastalıklarına neden olabilirler.