Mikrobiyolojik enfeksiyonlar, türüne bağlı olarak farklı şekillerde tedavi edilir. Antibiyotikler bakteriyel enfeksiyonları tedavi ederken, antiviral ilaçlar virüs enfeksiyonlarına karşı etkilidir. Antifungal ilaçlar mantar enfeksiyonlarını tedavi ederken, antimikrobiyal ilaçlar birçok farklı mikroorganizmadan kaynaklanan enfeksiyonlara karşı kullanılabilir. Hasta ve enfeksiyonun ciddiyetine bağlı olarak, tedavi mümkün olduğunca erken başlatılmalı ve genellikle bir sağlık uzmanı tarafından yönlendirilmelidir. Tedavinin süresi ve dozu, enfeksiyon türüne, büyüklüğüne ve omurgalının yaşına, sağlık durumuna ve diğer faktörlere bağlı olarak farklılık gösterebilir. Antibiyotikler ve antiviral ilaçlar genellikle ciddi yan etkilerle ilişkili olduğundan, reçete edilen dozu mutlaka doktorun önereceği şekilde alınmalıdır.