Pandeizm, doğa bilimleri ve felsefi düşüncelerin 18. yüzyıl aydınlanma döneminde birleşmesiyle ortaya çıkmış bir inanç sistemidir. Bazı tarihçiler, pandeizmi ilk kez antik düşünce sistemleri olan Stoacılık, Epikürcülük ve Neoplatonizm'in etkisiyle ortaya çıktığını savunmaktadır. Stoacılık, evrenin tanrısal bir ruh tarafından yönetildiğini öne sürerken, Epikürcülük evrendeki her şeyin rastgele bir şekilde var olduğunu iddia etmektedir. Neoplatonizm ise evrenin bir tanrısal bir zihin olduğunu savunur.
Ancak pandeizmin modern tarihteki temelleri, 18. yüzyılda Aydınlanma döneminde atılmıştır. Aydınlanma dönemi, bilimsel düşüncenin ve rasyonalizmin ön plana çıktığı bir dönemdir. Pandeizm, bu dönemde bilimsel veriler ve felsefi düşüncelerin birleştirilmesiyle ortaya çıkan bir inanç sistemidir.
Pandeizmin ortaya çıkışında özellikle İngiliz filozoflar John Toland ve Matthew Tindal'ın fikirleri önemlidir. John Toland, "Christianity Not Mysterious" adlı eserinde, evrenin tanrı olduğunu ve tanrının evrende iman edilmesini beklediğini savunmaktadır. Matthew Tindal ise "Christianity as Old as the Creation" adlı eserinde, evrenin yaratıcısı ve yaratımın bir parçası olduğunu öne sürmüştür.
Ayrıca Alman filozof Johann Gottfried Herder de pandeizm fikirlerine önemli katkılar yapmıştır. Herder, evrenin bir bütün olarak anlaşılabileceğini ve tanrının evren üzerindeki etkisinin dolaylı olduğunu savunmuştur.
Bu şekilde, pandeizmin tarihi kökenleri, antik düşünce sistemlerinden etkilenen fikirlerin modern düşünce akımlarıyla birleşmesiyle oluşmuştur.