Yeni Skolastik Felsefe'nin sunmuş olduğu argümanlar her ne kadar farklı yaklaşımlara dayanarak Tanrı'nın varlığını savunsa da, bu argümanlar üzerinde ciddi tartışmalar yapılmaktadır.
İlk olarak, kozmolojik argümanın bazı eleştirileri vardır. Özellikle, kozmolojik argümanın dayandığı varsayımların yanıltıcı olduğu düşünülebilir. Örneğin, evrenin bir nedeninin olması gerektiği varsayımı, evrenin nedeninin Tanrı olması gerektiği sonucuna yol açmamaktadır. Ayrıca, kozmolojik argümanın problemi, Tanrı'nın kendisinin bir nedeninin olması gerektiği düşüncesiyle karşı karşıya kalmasıdır.
İkinci olarak, teleolojik argüman da eleştirilerle karşı karşıyadır. Doğanın ve evrenin tasarımının bir tasarımcısı olması gerektiğinin varsayımı, doğanın ve evrenin karmaşıklığını açıklamak için yeterli bir açıklama olarak kabul edilemez. Ayrıca, teleolojik argüman, doğanın veya evrenin her yönünde bir tasarım görmeyi gerektirir ki bu da eleştirilebilir bir görüştür.
Üçüncü olarak, ontolojik argümanın eleştirileri, argümanın varsayımına dayanmaktadır. Ontolojik argüman, Tanrı'nın var oluşunun bir "olması gerektiği" şeklindeki düşüncenin doğru olmadığını iddia eden eleştirilerle karşı karşıya kalır. Tanrı'nın var olması gerektiği şeklindeki varsayım, Tanrı'nın varlığına dair somut bir kanıt sunmamaktadır.
Dördüncü olarak, ahlaki argüman da bazı eleştirilere maruz kalmaktadır. İyilik, kötülük gibi kavramların varlığının kaynağı olması gerektiği varsayımı, Tanrı'nın bu kaynağı olması gerektiği sonucuna varmamaktadır. Ayrıca, ahlaki argüman, iyilik ve kötülük kavramlarının varoluşunun nedenlerini açıklamaya yetecek sayıda metafiziksel varsayım içermesi nedeniyle eleştirilerek değerlendirilmektedir.
Sonuç olarak, Yeni Skolastik Felsefe'nin savunduğu Tanrı'nın varlığına dair argümanlar, tartışmalara açık bir konudur ve her bir argüman eleştirisel bir incelemeye tabi tutulmalıdır.