Karnabahar bitkisi, tüketildiğinde genellikle güvenlidir ve nadiren yan etkilere neden olur. Ancak, bazı insanlar karnabahar bitkisine alerjik reaksiyon gösterebilirler. Bu kişilerde, yutma güçlüğü, bulantı, kusma, cilt döküntüleri, hırıltılı solunum gibi semptomlar görülebilir. Ayrıca, bazı kişilerde karnabahar tüketimi gaz, şişkinlik, ishal gibi sindirim sorunlarına neden olabilir. Karnabaharın besin değeri yüksek olduğu için yüksek miktarda tüketilmesi durumunda, bazı kişilerde idrar yolu taşı veya böbrek rahatsızlıkları gibi problemler ortaya çıkabilir. Uzun süre pişirilen karnabaharın besin yararını kaybetmesi de mümkündür. Bu nedenle, herhangi bir sorun yaşamamak için karnabahar tüketimine sindirim sisteminin alışması için öncelikle az miktarda başlanması önerilir. Alerjik reaksiyonlar için ise, mutlaka uzman bir doktora danışılması gerekmektedir.